目前微生物制劑中芽孢桿菌為好氧菌(或兼性)，硝化細(xì)菌為嚴(yán)格好氧菌，使用含有這類活菌的產(chǎn)品，一定要保持水體足夠的溶氧，才能維持細(xì)菌快速繁殖和對污染物的有效分解。

以硝化細(xì)菌為例，每毫克氮經(jīng)過整個硝化作用途徑后，氨氮轉(zhuǎn)變?yōu)橄跛猁}需要4.75mg溶解氧來“清除”含氮物質(zhì)釋放的電子，所以保持較高的溶解氧對于硝化細(xì)菌是必要的，研究表明水中溶氧至少大于2 mg/L是硝化細(xì)菌進(jìn)行正常的硝化反應(yīng)所必需的。

池塘底部低溶氧會影響生物底改的使用效果。大多數(shù)養(yǎng)殖者更喜歡顆粒型生物底改，他們認(rèn)為既然是底改，當(dāng)然要沉到塘底才能更好的發(fā)揮作用。

但是池塘底部是污染最嚴(yán)重的區(qū)域，尤其是養(yǎng)殖的中、后期，底部積累的耗氧因子往往會使底部溶解氧消耗殆盡，如果生物底改中沒有耐低氧菌株(≤0.5～1.5 mg/L)，那么這些細(xì)菌在缺氧的環(huán)境中生長繁殖并不理想，雖然直接到了底部，但大部分細(xì)菌休眠或沒有繁殖，甚至死亡，即使投入很多菌也無濟(jì)于事。有些生物底改劑推薦配合增氧粉(顆粒)使用，也是通過增加溶氧來促進(jìn)生物底改的效果。

在藻類光合作用下，低堿度水體(CaC0 含量<50 mg/L)相對于高的水體(CaCO 含量80～150 mg/L)有更大的pH值波動。

每種細(xì)菌都有一個最佳pH值范圍，過大的pH值波動會影響微生物制劑效果，如硝化細(xì)菌雖然各種亞硝酸細(xì)菌和硝酸細(xì)菌生長的最適pH值不同，但它們都在微堿性反應(yīng)的環(huán)境中良好地生長，對pH值的變化反應(yīng)明顯。硝酸細(xì)菌如硝化桿菌(Nitrobaeter)為pH值為8.3～9.3，一般在中性或微堿性條件下生長最好。

硝化細(xì)菌類產(chǎn)品需要養(yǎng)殖水體保持較高的堿度才能很好的發(fā)揮作用，理論上計(jì)算硝化細(xì)菌氧化1 mg N—NH4 ，需要消耗7.14mg堿度。池塘底部污染嚴(yán)重時，發(fā)酵產(chǎn)生的有機(jī)酸積累，堿度太低，會使底部pH值很低，會嚴(yán)重影響芽孢類微生物制劑對池塘底部的改良效果。有的細(xì)菌不耐高鹽度，產(chǎn)品中活菌投水后死亡率高也是影響效果的原因之一。