土壤中微生物的種類較多，有細(xì)菌、真菌、放線菌、藻類和原生動(dòng)物等。數(shù)量也很大，1克土壤中就有幾億到幾百億個(gè)。大部分土壤微生物對(duì)作物生長發(fā)育是有益的，它們對(duì)土壤的形成發(fā)育、物質(zhì)循環(huán)和肥力演變等均有重大影響，當(dāng)然也有那么些不被人喜歡的致病微生物。正是有了土壤微生物的默默耕耘，大地才會(huì)有春華秋實(shí)的生生不息。那么微生物在土壤中究竟做了些什么呢？

土壤微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動(dòng)的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機(jī)酸等有助于土壤粒子形成大的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，最終形成真正意義上的土壤。

作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機(jī)肥料等，只有經(jīng)過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養(yǎng)元素，供作物利用，并形成腐殖質(zhì)，改善土壤的結(jié)構(gòu)和耕性。

土壤微生物還可以分解礦物質(zhì)，土壤微生物的代謝產(chǎn)物能促進(jìn)土壤中難溶性物質(zhì)的溶解。例如解淀粉芽孢桿菌、膠凍樣芽孢桿菌等具有分解釋放出可溶的磷鉀元素及中微量元素，既增進(jìn)了土壤肥力，又為作物提供了可吸收利用的營養(yǎng)元素。

一些固氮菌可借助其固氮作用將空氣中的氮?dú)廪D(zhuǎn)化為植物能夠利用的固定態(tài)氮化物，相當(dāng)于土壤有了自己的氮肥生產(chǎn)車間了。

土壤中各種微生物之間有互惠互利的，也有相互敵對(duì)的。例如，土壤中存在一些抗生性微生物，如枯草芽孢桿菌，其能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，這樣就可以防治和減少土壤中的病原微生物對(duì)作物的危害。

膠凍樣芽孢桿菌、側(cè)孢短芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌等能產(chǎn)生赤霉素、細(xì)胞激動(dòng)素、微生物酶、細(xì)菌多糖等生理活性物質(zhì)，促進(jìn)作物營養(yǎng)吸收和生長代謝。

最后：微生物還可以降解土壤中殘留的有機(jī)農(nóng)藥、城市污物和工廠廢棄物等

某些微生物，如側(cè)孢短芽孢桿菌能降解有機(jī)污染物，降低殘毒危害。當(dāng)然，這些所有的功能都是由不同種群的微生物完成的，每一個(gè)功能的實(shí)現(xiàn)也需要有大量的微生物共同工作才行。